Dix ans après avoir vaincu le monstre Kraken, au terme d'une bataille héroïque, Persée, demi-dieu et fils de Zeus, tente de mener une vie paisible dans un village où il est pêcheur et s'occupe, seul, de son fils de dix ans, Hélius. Mais Persée ne se doute pas que les dieux se sont engagés dans une lutte de pouvoir qui menace son existence tranquille. Affaiblis par le manque de dévotion des hommes, les dieux risquent bien de perdre leur immortalité et de ne plus pouvoir garder le contrôle sur leurs redoutables prisonniers, les Titans, et leur chef cruel, Kronos, père de Zeus, de Hadès et de Poséidon : les trois frères ont détrôné leur père depuis longtemps et l'ont envoyé croupir au plus profond du Tartare, donjon situé dans les entrailles des Enfers. Désormais, Persée n'a d'autre choix que d'accepter son destin lorsque Hadès et Arès, fils de Zeus, changent de camp et passent un accord avec Kronos pour capturer le roi des dieux. Tandis que les pouvoirs divins de Zeus diminuent, la puissance des Titans, elle, s'accroît, et les forces des ténèbres se déchaînent sur Terre. Persée fait appel à la reine guerrière Andromède, au fils de Poséidon, le demi-dieu Agénor, et au dieu déchu Héphaïstos pour s'enfoncer dans les Enfers dans le but de libérer Zeus, de vaincre les Titans et de sauver l'humanité.
