Alors qu'elle peint sur les hauteurs de San Francisco, la belle Emu O'Hara assiste au meurtre d'un gangster japonais. Elle a vu l'assassin et elle sait qu'il reviendra l'éliminer. Mais lorsqu'il réapparaît chez elle, Crying Freeman, le tueur invincible, tombe sous le charme de sa victime. Ensemble, ils vont fuir, déclenchant ainsi la colère des employeurs de Freeman et des nouveaux leaders du clan yakuza qui ont également juré leur mort.
