Jonah Hex est un chasseur de primes défiguré et impitoyable. Ayant frôlé la mort de près, Jonah a une histoire violente, faite de mythes et de légendes et garde désormais toujours un pied dans l'outre-tombe. Condamné à la solitude, sa seule connaissance est la charmante Lilah, qui vit dans un bordel. Le passé de Jonah ressurgit quand l'armée lui fait une offre qu'il ne peut refuser : le mandat d'arrêt le concernant sera annulé s'il arrive à traquer le terroriste Turnbull (décidé à déchaîner les Enfers sur Terre), l'homme qui a tué sa famille et qui l'a marqué au fer rouge sur la figure. Une lutte à mort s'engage alors entre les deux hommes.
