Il y a des missions que l'on ne choisit pas. Alors qu'Ethan Hunt est chargé de récupérer du plutonium volé, il décide de sauver son équipe plutôt que de mener à bien cette mission. Les armes nucléaires se retrouvent ainsi dans les mains d'une organisation criminelle dont le but est de détruire notre civilisation. Ethan et son équipe de l'IMF doivent, contre leur gré, s'associer à un agent de la CIA pour retrouver le plutonium avant qu'il ne soit trop tard.
